Proje, yap-işlet-devret modeli ile gerçekleşecek. Suyolu, bütün olarak ihale edilebileceği gibi kısımlara ayrılarak da ihale edilebilecek.. Ayrı ihale yapılması durumunda, tamamlanan kısımların kullanım bedeli ödemeleri başlayacak.
İhaleyi alanlara vergi muafiyetiİhaleyi kazanan şirkete vergi muafiyetleri getirilmesi planlanıyor. Buna göre, yapımında kullanılacak her türlü iş makinesi, taşıma aracı ve ekipman ÖTV, KDV ve gümrük vergisinden muaf olacak. Kullanılacak akaryakıttan da ÖTV ve KDV alınmayacak. Kazanan şirketin, projenin gelirinden elde ettiği gelirleri, kurumlar vergisinden istisna tutulacak.
Yapımının 7 yıl sürmesi beklenen ve 10 yılda 181.5 milyar gelir getireceği hesaplanan projede kamunun elde edeceği tüm gelirler, Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından oluşturulacak “proje” hesabında toplanacak. Bu gelirler, kamunun üstlendiği ödemeler tamamlanıncaya kadar, Kanal İstanbul geri ödemesinde kullanılacak.