07 Ocak 1919’da tutuklanan Boğazlayan Kaymakamı ve Yozgat Mutasarrıf Vekili Kemal Bey de Ermeni Kırımından sanık olduğu iddia edilerek yakalananlar arasındaydı. Kaymakamlık ve Mutasarrıf Vekilliği görevini ifa ettiği sırada Dahiliye Nezaretinden aldığı; “Kazanız dahilinde bulunan bilumum Ermenileri 24 saat zarfında yola çıkaracaksınız, bunların sevk edileceği istikamet Suriye’dir. Şifrenin aynı iddia ile Yozgat İstinaf Mahkemesinde yargılanmış ve beraat etmiş olmasına rağmen yeniden tutuklanarak mahkeme önüne çıkarılmıştır. Dava vekili Saadettin Ferit Bey, Kemal Beyin savunmasını gönüllü olarak üstlenmiştir. Aynı suçtan daha önce yargılanarak beraat ettiğini ileri sürerek serbest bırakılmasını isteyen Kemal Beyin bu talebi Divan-ı Harb Savcısı Sami Beyin saçma sapan iddiaları ve Mahkeme Başkanı Mahmut Hayret Paşanın da savcıya katılması ile geri çevrilmiştir. Mahkemede İngiliz Yüksek Komiserliğince temin edilen Ermeniler, akıl mantık kurallarını inkar eden bir sürü suç uydurarak Kemal Bey aleyhine şahitlik etmişlerdir.
Kemal Bey son duruşmasında şöyle der;
“ Daha düne kadar bir hakimler heyeti halinde olan sizler şu dakikada bir tarih mahkemesi sıfatını almış bulunuyorsunuz.
Ermeniler tarafından öldürülen dindaşlarının ve soydaşlarının katli Müslümanların yüreklerini sızlattığı ve her gün gelen kara haberlerin halkı tahrik etmekten geri kalmadığı malumdur. Ermeniler ise Rus ordularının kah önüne geçerek, kah arkasında kalarak ekseriye memleketin asker kuvvetinden mahrum kalmasına güvenerek facialar getirmekten kaçınmıyorlardı. İddia edildiği gibi, Yozgat vilayet dahilinden sevk edilen bazı Ermeni muhacir kafilelerine, Ermenilerin Müslümanlara reva gördükleri fecasete şahit olmuş bazı asker kaçaklarının tecavüzü dahilindedir.
Ancak, savaşta yenilişimizin aleyhimizde meydana getirdiği heyecanı durdurmak maksadıyla, iddia makamının da istediği üzerine kurbanlar verilmesi bir ziyaret icabı sayılıyorsa, bu kurban ben olamam. Siz kurban seçmekte değil, ancak hak ve adaletle hüküm vermek vicdanı görevini taşıyan bir yüksek heyetsiniz. Mutlaka kurban aranıyorsa herhalde bütün bu işlerin takipçisi ve idarecisi olarak benim gibi küçük bir memur bulunacak değildir.”
Bu müdafaa Mahkeme Başkanı Hayret Paşayı vicdanının sesine uymaya çağırmış ve Patrik Zaven’in Kemal Beyin asılması için İngilizlerle beraber yaptığı baskı karşısında Sadrazam Ferit Paşa ile yaptığı şiddetli bir münakaşa neticesi istifa etmiştir.
Hayret Paşanın yerine “Nemrut” lakabı ile tanınan Mustafa Paşa tayin olmuş ve tayin ile mahkeme, mahkeme olmaktan çıkmış, önceden verilmiş kararların emirlerini uygulayan bir heyet halini almıştır. Son duruşmada Nemrut Mustafa Paşa oturduğu yerden doğrularak Kemal Beyin yüzüne bağırmıştı;
-Kış kıyamette bu kadar insanı çoluk çocuğu ile dağlara yaylara sürerken Allah’tan hiç korkmadın mı? Bir gün bunların senden sorulacağını düşünmedin mi? Hem üstelik jandarmalara onları süngülemesini de emretmişsin, ne dersin?
-Hayır bunu asla kabul etmem. Ben kimsenin ölümü için karar vermiş değilim.
-On binlerce zavallıyı, kadın, çocuk demeden bu Allah’ın kışında soğukta, dağ başlarında yürütmek, sanki süngülemekten daha mı iyidir? Üstelik sen bir idare amirisin, bunları senin himayene vermişler, memleketimiz dahilinde yaşayan vatandaşların birini diğerinin üzerine sevk ederek can ve mal tecavüzüne teşviketmenin cezası nedir bilir misin ?
-İdamdır Paşam ....
-Kendi hükmünü kendi ağzınla verdin Kemal Bey, bizde senin için bu karara varmıştık !..
Böylece 08 Kasım 1919 günü Kemal Bey idama mahkum edilir. Şeyhül İslam Mustafa Sabri Efendinin fetvasını alan Sultan Vahdettin Damat Ferit Paşanın elden getirdiği kararı aynen onaylar.
10 Nisan 1919 günü henüz 35 yaşında iken Beyazıt meydanında kurulan idam sehpasına getirilen Kemal Beye son sözü sorulduğun da toplanan halka şöyle seslenir;
“Sevgili vatandaşlarım ben bir Türk memuruyum. Aldığım emri yerine getirdim. Vazifemi yaptım, vicdanım emindir, ecnebi devletlere yaranmak için beni asıyorlar, eğer buna adalet diyorlarsa, kahrolsun böyle adalet.”
Sözleri yasa bürünen halkın “kahrolsun böyle adalet” gürlemesiyle kesilen Kemal Bey devam eder.
“Benim sevgili kardeşlerim çocuklarımı asil Türk Milletine emanet ediyorum. Bu kahraman millet, elbette onlara bakacaktır. Allah vatan ve milletimize zeval vermesin. Amin.”
Halk hıçkıra hıçkıra ağlıyordu. O sıra da şimdiki Rektörlük binasının penceresinden devrin Adliye Müsteşarı Sait Molla cellatlara hiddetle bağırır;
“Söyletmeyin şu alçak herifi ......hemen asın bu köpeği, ne duruyorsunuz itoğlu itler....
Kemal Beyin “borcum var, servetim yok, üç çocuğumu millet uğruna yetim bırakıyorum, yaşasın millet” sözleri halkın hıçkırıklarına karışırken cellatlar idamı gerçekleştirmişlerdi.
Kemal Beyin üstünden şu vasiyet çıkar;
“Merhum Sevgili oğlum Adnan’ın mefdun bulunduğu Kadıköy Kuşdili çayırındaki kabristanda yavrumun yanında gömülmemi diliyorum. Teyzem ve kardeşim Kadıköy’de sakindirler. Teyzemin adresi Mühürdar Caddesinde 67 numaralı hanedir. Adı İsmet Hanımdır. Defin masrafı teyzeme buyrulmalıdır. Kabri taşım hamiyetli Türk Müslüman Kardeşlerim tarafından dikilmeli ve üstüne şöyle yazılmalıdır. Millet ve memleket uğruna şehit olan Boğazlayan Kaymakamı Kemal Beyin ruhuna fatiha. Perişan zevcem Hatice’ye, yavrularım Müzeher ve Müşerref’e muavenet edilmesini, yavrularımın tahsil ve terbiyesine ihtimam buyrulmasını vatandaşlarımdan beklerim. Babam, Karamürsel Aşar memuru Sabık-ı Arif acizdir. Kardeşim Münir’de kimsesizdir. Bunlara da muavenet olunursa memnun olurum. Türk Milleti ebediyen yaşayacak Müslümanlık asla zeval bulmayacaktır. Allah millet ve memlekete zeval vermesin. Fertler ölür, millet yaşar, inşallah Türk Milleti ebediyete kadar yaşayacaktır.”
30 Mart 1335 Boğazlayan Kaymakamı Sabık ı KEMAL
Ertesi gün halk Kemal Beye Kadıköy’de büyük bir cenaze töreni düzenler. Cenaze törenini Kadıköy, Mecidiyeköy, Üsküdar Dergah Şeyhi Münip Efendi yönetir. Münip Efendi törene katılmaları için mollalara emir vermiştir. Tıbbiye öğrencileri cenazeyi “Türklerin büyük şehidi Kemal Bey” yazılı bir çelenk ile karşılarlar. Tabutun üzerine “Milletin masum kurbanına” yazılı çelenk konur. Bir tıbbiye öğrencisi yaptığı konuşmada şöyle der;
“Dinle Ey Millet, Dinleyin Ey Müslümanlar, burada toprağa verdiğimiz insan Kahraman Kemal Beydir.
İngiliz’i Odesa’dan attılar, Haydi bizde İstanbul’dan atalım. Ne bekliyoruz? İngiliz’i atmak borcumuzdur. Felaketimizi hazırlayan İngiliz’i yok etmek zorundayız. Allah’ın yardımıyla yakında İngiliz’in kafasını ezeceğiz.”
Cenaze defnedildikten sonra, mezarın başında imam sorar;
“Merhumu nasıl bilirsiniz”
Cemaat birden gürler;
“ Büyük vatanperverdir, iyi biliriz. Allah rahmet eylesin.”